湿毒下注：中医所说的“湿毒”便是西医所说的引起泌尿生殖系统发生炎症的致病菌(包括淋球菌、支原体、衣原体、葡萄球菌、霉菌等)。中医理论认为：湿邪之性重浊而粘腻，极易阻遏人体气机，损伤人体阳气(正气)。湿毒下注于尿道，则发生尿道炎，尿道炎症失治误治。湿毒病菌扩散到前列腺，便发生前列腺炎。因此，清浊祛毒丸在组方立法上，首选金沙藤、蒲公英等药物为君药以除湿祛毒、消炎抗菌。彻底化解堆积在泌尿生殖系统的湿毒之邪，迅速扑灭致病菌，彻底解除泌尿生殖系统之炎症损害。

  正气不足：中医所说的的“正气”即西医所说的人体免疫力抗病力。泌尿生殖系统炎症的发生正是由于人体正气不足、免疫力抗病力低下，正气不敌邪气(湿毒致病菌，中医统称为邪气)，于是造成病菌感染，发生炎症。反之，人体正气旺盛，邪不胜正，便不会发生炎症。因此，清浊祛毒丸在组方立法上，又以六味地黄丸及黄芪等药物为臣药以扶正驱邪、补肾生精，提高人体免疫力抗病力。一方面加快炎症的消除;另一方面防止炎症扩散及炎症复发;再一方面，通过补肾益气生精而保护好患者的性功能及生育能力。

  血脉瘀阻：血脉瘀阻是指泌尿生殖系统之血脉经络闭阻不通。这是由于湿毒下注之后，湿毒之邪不断由浅入深、走经窜络，最后闭阻于尿道前列腺局部之血脉经络所致。正是由于血脉经络瘀阻不通，导致尿道前列腺局部代谢产物及炎症产物不能及时消除，堆积其内，于是造成泌尿生殖系统内环境不清洁，致病菌方能在尿道及前列腺内滋生繁殖，这正是尿道前列腺发生炎症并久治不愈的原因所在。因此，清浊祛毒丸在组方立法上，再用大血藤、益母草、牡丹皮等药物为佐使药以活血化瘀、疏通血脉。改善泌尿生殖系统的血液循环及新陈代谢，清洁泌尿生殖系统内环境，使致病菌不能滋生蔓延。如此，则炎症必除。同时，也只有用清浊祛毒丸改善病灶的血脉循环，使药物有效成份随血液循环，穿过包膜、粘膜而进入到病灶内，这样治疗才有良效。

  可见清浊祛毒丸在处方立法上遵循了中医学的“治病求因”及“标本兼治”的原则，即一方面能针对性地消除造成泌尿生殖系统炎症的病因而对症下药;另一方面在清热除湿、解毒消炎的同时，扶正固本、提高人体免疫力抗病力，有效防止疾病的复发。